A estrutura organizacional da Agência Estadual de Pesquisa Agropecuária e Extensão Rural do Maranhão – AGERP/MA é composta pelos seguintes níveis:

I – nível de Administração Superior
a) Presidência

II – nível de Assessoramento
a) Gabinete
b) Assessoria de Planejamento e Ações Estratégicas
c) Assessoria Jurídica
d) Assessoria de Imprensa

III – nível de Execução Instrumental
a) Supervisão Administrativo-Financeira
1. Coordenadoria Administrativa e Financeira
1.1. Divisão de Gestão de Pessoas
1.2. Divisão Administrativa
1.3. Divisão Financeira
b) Coordenadoria de Informática

IV – nível de Execução Programática
a) Diretoria de Pesquisa e Desenvolvimento
1. Coordenadoria de Pesquisa Agropecuária
2. Coordenadoria de Pesquisa Agroextrativista/Florestal
3. Coordenadoria de Pesquisa Agroindustrial
4. Coordenadoria de Pesquisa Pesqueira
b) Diretoria de Assistência Técnica e Extensão Rural
1. Coordenadoria de Assistência Técnica e Extensão Rural
2. Coordenadoria de Formação e Capacitação Rural
3. Coordenadoria de Gestão da Informação Rural
4. Coordenadoria de Escritórios Regionais

V – nível de Ação Regional
a) Escritórios Regionais de Pesquisa Agropecuária, Assistência
Técnica e Extensão Rural